Dobrý den,

to co popisujete je zcela normální, protože instance v sestavě se odkazují na konkrétní referenci, tj. na jeden soubor (Part).
Pokud chcete změnit pouze jeden part z více instancí, máte v podstatě dvě možnosti:

1) zkopírujete part, který chcete změnit pomocí CTRL+C a vložíte jen pomocí příkazu Paste Special s volbou Break link.Tím se de facto vytvoří kopie, kterou si pak uložíte pod novým názvem.

2) Part si nejprve mimo Catii zkopírujete a přejmenujete (ideálně pak otevřít do Catie a změnit i PartNumber), a pak můžete vybranou instanci tímto novým partem nahradit, K tomu slouží příkaz Components > Replace component v kontextovém menu dané instance.